Estou trabalhando num projeto em que vou controlar uma etapa com MOSFETs de alta potência ligada a uma fonte de alta tensão. Como isolar este circuito de meu Arduino?

A melhor maneira de fazer isso é através de isoladores ópticos. No entanto, de uma forma mais antiquada também pode ser usado um transformador se o circuito operar com pulsos. Pode perfeitamente ser elaborado um drive com um transistor para este transformador e ligar o secundário no MOSFET que deve ser controlado.