“Posso usar supercapacitores nos circuitos de filtro de fontes de alimentação?”

Simplesmente em lugar de um capacitor eletrolítico comum, não. O que ocorre é que descarregados, os supercapacitores funcionam como curtoocircuitos e se você ligar algo de muito baixo consumo na saída dessa fonte, sem um circuito limitador de corrente, o efeito pode ser desastroso. É preciso projetar um circuito específico para esta finalidade.